かねてより STM32 の開発を STM32CubeMX + STM32CubeIDE で行っていますが、MPLAB X IDE （引き合いにだして申し訳ないのですが）とどっこいどっこいの開発効率です。特に、わけのわからないエラーで開発が中断することが多いので困りものです。

ときどき発生するのが、Flash 書き込み時の「Failed to execute MI command」エラーです。

1つの復帰方法は、一度 ST-Link の USB ケーブルをさしなおして、別の正常なプロジェクトのFlashを書き込んでから、戻って再度書き込むことです。そうするとなぜか書けることがあります。

他に効果があったのは、デバッガ設定のポート番号を変えることです。これで復帰できることもありました。

ST社のフォーラムを見ると、同じエラーの相談はいくつか見かけますが、いずれも解決していないようにみえます。
おそらく何か発生原因があるのだと思いますが、そんなもの調べるつもりはないです。
ただ、しばしば引っ掛かるので、自分のためにメモしておきます。
何かわかれば追記します。